El fundador de la Dinastía Ayyubid, Saladino, ordenó la construcción de la ciudadela en 1176 para unir las ciudades de El Cairo y Fustat, y para proveer un punto clave de defensa contra los cruzados en la capital de su nuevo califato. Situada en una colina que mira hacia El Cario, la ciudadela fue la sede del gobierno de los gobernantes egipcios durante más de 600 años.
La ciudadela de El Cairo ha sufrido numerosas renovaciones y reestructuraciones a través de los siglos. Los cambios más radicales comenzaron en 1828, cuando Muhammad Ali Pasha arrasó con algunas de las estructuras existentes, reestructuró el interior, y mandó construir la enorme mezquita que lleva su nombre.
Los edificios de la ciudadela aún dominan el horizonte de El Cairo, y el sitio es hogar de tres museos hoy en día, incluyendo uno, el Museo del Palacio Al-Gawhara, realizado por encargo de Muhammad Ali en 1814.
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Rabbat, Nasser O. The Citadel of Cairo – A New Interpretation of Royal Mamluk Architecture. E.J. Brill, Leiden. 1995.